La visione magico-religiosa della realtà ha caratterizzato la civiltà umana sin dalle sue origini, e nel corso dei millenni ha esercitato una tale egemonia  da rendere improbabile qualunque prospettiva di tipo diverso. Tuttavia, sin dall'antichità, tra le crepe di questa visione magico-religiosa ha cominciato a farsi strada in maniera lenta ma inesorabile una visione ad essa contrapposta, relativamente autonoma rispetto ai condizionamenti socio-culturali del tempo e completamente libera da distorsioni derivanti da credenze di tipo sovrannaturale.

Tale visione, che possiamo definire "naturalistica", non costituisce un movimento ben strutturato e circoscrivibile entro un determinato periodo storico, ma è una caratteristica rintracciabile dall'antichità ad oggi nelle idee e nelle opere di alcuni individui che si sono distinti per coraggio e libertà di pensiero, specie in periodi in cui il fondamentalismo e l'oscurantismo religiosi erano talmente imperanti  che già la negazione di un dogma o la semplice contraddizione di una verità di fede potevano costare la libertà o la vita; la storia dell'ateismo, purtroppo, è anche la storia di una persecuzione condotta dai presunti detentori della verità assoluta contro una sparuta minoranza di "eretici".

È importante notare che questa visione naturalistica non sempre coincide con l'ateismo vero e proprio, e ciò soprattutto in età antica, in quanto l'intero contesto socio-culturale rendeva ancora insostenibile la negazione assoluta della divinità. Pertanto, anche le menti più razionali che osavano discostarsi da un'interpretazione religiosa della realtà, continuavano a mantenere viva l'idea di una divinità mediante stratagemmi filosofici che la concepivano di volta in volta del tutto indifferente alle vicende umane o come un'entità impersonale identificabile con la natura stessa.

È in questa prospettiva che una storia dell'ateismo non può trascurare tutte quelle concezioni filosofiche e quelle teorie scientifiche che seppure non possono definirsi propriamente ateistiche, hanno comunque favorito lo sviluppo dell'ateismo offrendo all'umanità interpretazioni alternative a quelle religiose riguardo all'essere umano e alla sua posizione nel mondo.